Γενικός σκοπός της εφαρμογής του προγράμματος των ΖΕΠ είναι να διαμορφώσει και να δοκιμάσει σε πραγματικές συνθήκες σχολικής τάξης εναλλακτικές και ευέλικτες εκπαιδευτικές προσεγγίσεις «καλών πρακτικών», διαφοροποιημένης διδασκαλίας και εκπαίδευσης οι οποίες θα διασφαλίζουν την ισότιμη ένταξη στο εκπαιδευτικό σύστημα των μαθητών από περιοχές με χαμηλούς εκπαιδευτικούς και κοινωνικοοικονομικούς δείκτες
Για να επιτύχει το γενικό σκοπό του, το πρόγραμμα των ΖΕΠ φροντίζει ιδιαίτερα την κοινωνικο-συναισθηματική καθώς και τη γνωστικο-γλωσσική ανάπτυξη των μαθητών, που αποτελούν τις βασικές προϋποθέσεις για την επίτευξη των μαθησιακών και αναπτυξιακών σκοπών της εκπαίδευσης
Στη φιλοσοφία των ΖΕΠ, η μάθηση και η ανάπτυξη δεν επιτυγχάνεται με παρεμβάσεις που εστιάζουν αποκλειστικά στο παιδί, αλλά και με παρεμβάσεις που εστιάζουν στο άμεσο και στο ευρύτερο σχολικό πλαίσιο στήριξης του παιδιού
Προς τούτο το σχολείο αναλαμβάνει ενεργό ρόλο στον αυτο-προγραμματισμό και την αυτορρύθμιση των διαφοροποιημένων εκπαιδευτικών του παρεμβάσεων και καλείται το ίδιο να λειτουργήσει ως ένας οργανισμός που μαθαίνει.
Σε αυτή την προσπάθεια το σχολείο δεν δρα μόνο του, αλλά συνεργάζεται με τις οικογένειες, που τις θεωρεί σημαντικό παιδευτικό πόρο, και τους φορείς της τοπικής κοινότητας.
Σε αυτό το πλαίσιο το εκπαιδευτικό πρόγραμμα των ΖΕΠ παρεμβαίνει με διαφοροποιημένο, κατά περίπτωση, τρόπο σε παράγοντες που καθορίζουν τη σχολική επιτυχία, όπως είναι η γλωσσική, γνωστική και κοινωνικο-συναισθηματική ανάπτυξη του μαθητή.
Προς επίτευξη του στόχου αυτού κινητοποιείται και αυτο-οργανώνεται η σχολική μονάδα, η οποία προσαρμόζει στις οικείες ανάγκες της μια διευρυμένη μορφή ωρολογίου προγράμματος ολοήμερου σχολείου με υποχρεωτικό ωράριο 35 ωρών για όλες τις τάξεις.
Τέσσερις άξονες αποτελούν τους πυλώνες του εν λόγω πιλοτικού προγράμματος :
1. η υποστήριξη των μαθητών σε ακαδημαϊκό επίπεδο: επιτυγχάνεται με την ιδιαίτερη έμφαση του προγράμματος στην ανάπτυξη του προφορικού λόγου και στην κατανόηση και παραγωγή του γραπτού λόγου, καθώς και με την ολοκλήρωση των κατ΄ οίκον εργασιών τους στη Γλώσσα και στα Μαθηματικά στο σχολείο, κατά προτίμηση, με την παρακολούθηση του εκπαιδευτικού της τάξης.
2. η υποστήριξη στηνκοινωνικο - συναισθηματική ανάπτυξη των μαθητών: επιδιώκεται με ολοκληρωμένα προγράμματα προσωπικής και δια-προσωπικής ανάπτυξης καθώς και με προγράμματα πολιτιστικών, δια-πολιτιτσμικών και δημιουργικών δραστηριοτήτων.
3. η σύνδεση σχολείου τόσο με την οικογένεια όσο και με την τοπική κοινωνία, φορέων που διαδραματίζουν καταλυτικό ρόλο στην εκπαίδευση του μαθητή.
4. η ανάδειξη της σχολικής μονάδας σε οργανισμό που αναλαμβάνει πρωτοβουλίες λειτουργικού χαρακτήρα με τη σύνταξη του οικείου αναλυτικού προγράμματος και την προώθηση εναλλακτικών καλών πρακτικών.
Ειδικότερα για το νηπιαγωγείο στοχεύει:
α. στην ενίσχυση της σχέσης των παιδιών προσχολικής ηλικίας με τον προφορικό λόγο, τον αναδυόμενο εγγραμματισμό και τα μαθηματικά στο πλαίσιο αυθόρμητων και οργανωμένων δραστηριοτήτων, ομαδικών και ατομικών, διαθεματικής φύσης,
β. στην κατανόηση της κοινωνικής διάστασης της γλώσσας και των μαθηματικών,
γ. στην απόκτηση σχετικών δεξιοτήτων,
δ. στην ενδυνάμωση της ταυτότητάς τους μέσα από την έκφραση, τη δημιουργία και την ανακάλυψη,
ε. στην κοινωνικο-συναισθηματική και μαθησιακή ετοιμότητα, που απαιτείται για την ομαλή μετάβαση των νηπίων στην πρώτη τάξη του Δημοτικού,
στ. στη σύνδεση σχολείου-οικογένειας και σχολείου-τοπικής κοινωνίας, ως προστιθέμενης κοινωνικής αξίας και συμβολής στην εκπαιδευτική προσπάθεια που επιτελείται με το πιλοτικό πρόγραμμα.
Η διασύνδεση και αλληλεξάρτηση των ανωτέρω συναρθρώνουν το πιλοτικό πρόγραμμα των ΖΕΠ σε ένα ολοκληρωμένο εκπαιδευτικό πρόγραμμα.